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先，两个标准的适用范围不同，ISO22000比GB/T27341的适用范围更广。ISO22000:2005《食品管理体系-食品链中各类组织的要求》，适合于食品链中的各类组织，包括直接介入食品链中的组织，包括但不限于饲料加工者，收获者，农作物种植者，辅料生产者，食品生产者，零售商，食品服务商，配餐服务组织，提供清洁和服务、运输、贮存和分销服务的组织;也包括其他间接介入食品链的组织，包括但不限于设备、清洁剂、包装材料以及其他与食品接触材料的供应商。GB/T27341-2009《危害分析与关键控制点体系食品生产企业通用要求》，适合于食品生产(包括配餐)企业。
尽管两个标准均以HACCP的7个基本原理为核心，以CAC《危害分析与关键控制点体系及其应用准则》12个步骤为主线制定的标准，但连个标准在结构与内容上存在一定的差别。ISO22000标准完成参照ISO9001:2008标准结构;GB/T27241标准前面部分参照了ISO9001:2008标准结构，第7部分完全引用了CAC《危害分析与关键控制点(HACCP)体系及其应用准则》12个步骤。在内容上各具特色，ISO22000标准特别强调了在食品链中相关方之间沟通的重要性，为了确保食品链每个环节中所有相关的食品危害均得到识别和充分控制，沿食品链进行的沟通。组织在食品链中的上下游的组织间均需要进行沟通。与顾客和供方关于确定的危害和控制措施的沟通将有助于澄清顾客和供方的要求。同时强调了“确认”和“验证”的重要性，在标准多处提到了确认和验证的要求。GB/T27341标准特别强调了“食品防护计划”的重要性，食品防护计划是为了保护食品供应，免于遭受生物的、化学的、物理的蓄意污染或人为破坏而制定并实施的措施，是HACCP计划的必要补充。

1、保护消费者的健康
可以根据食品形成和分配的整个过程中的重要性对其进行分类和控制，以确保将食品中潜在的重大危害预防，或降低到可接受的水平，从而使所提供的食品符合健康要求和消费者的生命要求。
2、促进国际粮食贸易
在经济化的情况下，食品企业需要与国际食品管理的规则接轨，这也是企业在加强食品管理大趋势下应具备的基本的产品要求。企业获得食品管理体系认证证书，符合国际食品管理标准的要求。企业拥有该证书，在产品市场准入批准和产品出口卫生注册期间，可以减少重成本。
3、提高食品企业食品管理水平
根据食品危害的严重程度，可以采取有效的控制措施，在有效控制危害的同时合理分源，降低运营成本，减少浪费，提益。
4、确保产品质量，提高市场竞争力
有利于采取针对性的控制措施，避免控制失误，确保产品质量，建立并维持企业市场声誉，增强竞争力。